Nella "Naturalis Historia" Plinio il Vecchio chiama l'isola dell'Asinara
Isola
d'Ercole.
A causa dell'assenza di testimonianze archeologiche degne di nota essa rimane avvolta nel mistero per tutto l'evo antico.
Si suppone che durante la prima età del ferro nell'isola vi sia stato uno stanziamento dei Sardi, mentre in età romana le sue coste sono state utilizzate come riparo da navi indigene in occasione delle
maestralate.
Per quel che concerne l'età medievale sappiamo che si servirono dell'isola i
Bizantini (quando presero possesso della Sardegna), che fu protagonista di molte battaglie riguardanti la Sardegna occidentale (in quanto legata al giudicato di Torres), che subì l'influenza genovese e
pisana (le due flotte lottavano per il controllo dell'isola).
Nella seconda metà del XII sec. i Doria si stabiliscono nell'isola, però nel 1328 l'Asinara viene concessa al rappresentante della corona d'Aragona.
Nel 1331, invece, l'amministrazione dell'isola venne assegnata alla città di Sassari.
L'isola, nella seconda metà del XIV sec., fu teatro di battaglie della flotta genovese contro quella
aragonese. Ha inizio in seguito l'età
moderna. Per tutto il XVI sec. l'Asinara rimane praticamente deserta. Solo verso la seconda metà del 1500 offrì riparo al celebre corsaro Barbarossa.
Per tutto il 1600 l'isola fu assediata sia dai corsari sia dai francesi di Andrea
Doria. Ma alla fine nessuno ebbe la meglio, perché furono cacciati dai sassaresi.
Verso il '700 l'isola riprenderà le sue attività grazie ad alcuni mercanti.
Sul finire del 1730 si vorrebbe colonizzare l'isola, ma ogni tentativo di colonizzazione fallisce.
Nel 1775 Antonio Manca, marchese di Mores, ottiene l'infeudazione dell'isola, che terminerà con la
fine dell'età
moderna.
Verso il 1880 l'isola è di proprietà del demanio statale. E' da attribuire a questo periodo l'incremento demografico dell'isola.
Nel 1885 i suoi pochi abitanti vengono cacciati a causa della totale demanializzazione dell'isola.
In seguito nell'isola vennero costruiti il Lazzaretto, la colonia penitenziaria, delle strutture ospedaliere per la quarantena e una casa di lavoro.
Durante la prima guerra mondiale vennero deportati nell'Asinara un gran numero di prigionieri austro-ungarici.
Dopo il secondo conflitto mondiale si decide di utilizzare il carcere per detenuti di particolare pericolosità.
Oggi l'isola dell'Asinara, interamente di proprietà dello stato e amministrata dal comune di Porto Torres, grazie al decreto del 1997, non è più un'isola penitenziaria, ma un
Parco
Naturale.