I primi secoli dell'età moderna per la Sardegna e le
sue coste circostanti sono caratterizzati da due fatti fondamentali: da un
lato lo sfruttamento economico da parte degli uomini di mare provenienti
da varie parti del Mediterraneo occidentale della costa sarda; dall'altro
le funzioni essenziali di difesa che l'Asinara per la sua posizione
strategica è chiamata ad assolvere in un periodo di scontri tra
popolazioni di nazionalità e religioni diverse.
Per tutto il XVI secolo, intorno all'isola, si registrano anche scontri di
campanile tra Sassari e Alghero ,mirati alla conquista ed allo
sfruttamento dei ricchi banchi di corallo.Infine fu la città catalana ad
avere la meglio sulla concorrenza sassarese e ad essere privilegiata come
base per le coralline.
L'Asinara nonostante tutto rimane praticamente deserta, salvò la presenza
di qualche pastore sassarese.
Nella prima metà del '500 l'isola, però, offrì sicuro riparo al celebre
corsaro Barbarossa che in quel tempo imperversava nel Mediterraneo
spargendo il terrore per le coste; ma nell'isola sbarcarono anche i
Francesi, capitanati da Andrea Doria, che nel 1527 s'impadronirono di
Sassari per breve tempo e che tentarono di occupare la stessa Asinara per
poter, in seguito, occupare anche l'intera Sardegna.
E' in questo periodo che i sassaresi chiedono ripetutamente agli organi di
governo il completamento del sistema di salvaguardia delle loro coste .
Tra '500 e primi del '600 tale linea difensiva, basata essenzialmente
sulle torri si può dire completata.
Nell'Asinara furono eretti i baluardi di Traboccato, Cala d' Oliva, Cala
Arena, Punta a Corsara, che, con Castellaccio, dominante Fornelli,
completavano il sistema difensivo del golfo.per tutto "600"
nonostante il sistema difensivo , i corsari barbareschi proseguirono nei
loro assalti alle coste.Anche i francesi tentarono ripetutamente di
insediarsi nell' Asinara per farne una base delle loro incursioni contro
l' isola maggiore : negli anni trenta del "600"essi sono
definitivamente cacciati dai sassaresi.
Nonostante in molti periodi ,oltre i coralli , appartengono in forte
espansione i tonnarotto che esercitarono la pesca soprattutto presso le
Saline e l'Asinara (in località Traboccato).
Sia per l'insicurezza delle sue coste,sia per importanza che le Saline
stavano acquistando grazie alla pesca dei tonni,la struttura dell'isola
funziona con difficoltà nel corso del "600"viene
abbandonata.Nel "700"inoltrato riprenderà la sua attività,saltuariamente
gestita da alcuni mercanti.
Nella prima parte dell'età moderna la situazione
"demografica"non migliorava anche a causa di una furiosa
pestilenza che,verso la metà XVII sec.,invase il nord Sardegna.
Sulla fine del 1730 il Duca di San Pietro chiede di poter intraprendere la
colonizzazione dell'isola;la stessa richiesta fu fatta dal marchese di
Monteleone esponente della nobiltà feudale,d'origine
mercantile,interessato allo sfruttamento delle tonnare e banche di
corallo.
Solo sul finire degli anni sessanta un tentativo più concreto di
colonizzazione dell'isola venne effettuato dai due fratelli Velixandre di
Aix en Provence per conto di un uomo d'affari di Marsiglia.
Per far posto ai coloni vengono allontanati dall'isola i pochi pastori che
vi si erano insediati. Questa nuova impresa di "ripopolamento"
fallisce dopo breve tempo e nell'isola possono così rientrar che
precedentemente erano stati allontanati. Nel 1775 Antonio Manca, marchese
di Mores, chiede ed ottiene dal re sabaudo l'infeudazione delle isole
Asinara e Piana col titolo ducale, in cambio dell'esborso di una forte
somma di denaro. Per i tributi feudali su queste isole e sulle acque
circostanti di cui viene titolare, il Manca entra quasi subito in
conflitto con i pastori che vi risiedono. L'età moderna termina per l'Asinara con la fme del sistema feudale. In questo periodo l'isola è
soggetta ad una carenza demografica ed economica e questo finisce per
determinare il suo destino nell'età contemporanea.