Verso il 1880 l'isola è di proprietà del demanio statale e di alcune famiglie che negli ultimi decenni vi si sono stanziate.
Le cifre relative a questo periodo mostrano in particolare un netto incremento della popolazione dell'Asinara (500 individui distribuite in un centinaio di famiglie). Gli abitanti dell'isola vivono una vita estremamente semplice.Tale vita è interrotta nel 1885 dalla totale demanializzazione dell'isola in seguito alla decisione governativa di ubicare il Primario Lazzaretto del Regno d'Italia ed una colonia penitenziaria.
Così i suoi abitanti sono costretti a lasciare le loro terre e le loro case: alcuni si trasferirono a Porto Torres, a Stintino e in altre località.
Dunque dopo l'espropriazione delle terre nell'isola vennero costruiti, oltre al Lazzaretto, strutture ospedaliere per la quarantena e una casa di lavoro all'aperto (per quest'ultima vennero utilizzate le abitazioni già esistenti sparse
nell'isola. Durante la prima guerra mondiale l'Asinara vive uno dei suoi periodi più drammatici perché furono deportati un gran numero di prigionieri
austro-ungarici. Tra questi soldati si diffusero il colera e il tifo, che causarono molti morti.
Soprattutto dopo il secondo conflitto mondiale l'amministrazione carceraria riprende il controllo dell'Asinara e qui, in anni recenti, si decide di utilizzare il carcere per detenuti di particolare pericolosità.
Oggi l'Asinara, interamente di proprietà dello stato e amministrata dal comune di Porto Torres, grazie al decreto del 1997, non è più un'isola penitenziaria, ma un Parco Naturale.