A causa della sua posizione strategicamente importante, l'Asinara fu un passaggio obbligato per molte navigazioni indigene.
Sicuramente si servirono dell'isola i Bizantini, quando, dopo la sconfitta dei Vandali, presero possesso della Sardegna.
(Si pensa che anche gli Arabi ne abbiano utilizzato le sue insenature ed i suoi approdi, quando si lanciarono alla conquista del Mediterraneo).
In quanto legata non solo geograficamente al giudicato di Torres, ma anche alle sue vicissitudini storiche e politiche, ed essendo un'isola dalla invidiabile posizione strategica, l'Asinara ha svolto e vissuto un ruolo di primo piano di questo delicato periodo storico-politico della Sardegna nord-occidentale, tanto da comparire in diversi episodi, come teatro di battaglie che l'hanno vista protagonista, sia diretta sia indiretta.
E' in questo quadro che va inserita una battaglia combattuta verso il 936 nei pressi dell'isola, tra la flotta saracena e quella genovese.
Inizialmente la flotta genovese condusse questa lotta con Pisa, ma in seguito sarà contro quest'ultima che combatterà, perché entrambe avranno raggiunto gli stessi interessi riguardanti l'isola.
La Sardegna entra così a far parte nell'XI sec. del circuito economico e politico controllato da Genova e Pisa, che si vedranno impegnate in un'accesa lotta per il controllo delle risorse isolane.
Inizialmente le due città riescono ad accordarsi per una tregua grazie anche all'intervento di Federico I, fino a quando questa fu interrotta da un casuale naufragio di una nave genovese nei pressi dell'Asinara. La nave fu saccheggiata dai pisani e l'equipaggio catturato, scatenando l'ira dei genovesi.
Nessun tentativo di pace è servito, infatti, la guerra divampa con conseguenze disastrose.
E' in questo periodo che nell'Asinara giunge l'ordine religioso dei camaldolesi del convento di Sant'Andrea, i quali risultano essere un elemento d'ordine, di pace e di collaborazione positiva con le forze indigene. Non si sa con precisione quando questi monarchici vi giunsero, ma fu di certo dopo il 1119 e prima di Onorio III (ponteficie dal 1216 al 1227), che ne fa cenno in una bolla.
Nella seconda metà del XII secolo il Turritano ed anche l' Asinara cadono sotto l' influenza dei Doria che, forti dal matrimonio tra Susanna de Lacon-Gunale ed Andrea Doria, rappresentate della nobiltà Genovese e console di Genova, vi si impiantano stabilmente in posizione di preminenza. I Doria si impadroniscono dell' Asinara, che signoreggiano e
utilizzano per i propri fini. Poiché sono Liguri e Genovesi, la loro politica appare in sintonia con quella della repubblica marinara di Genova, nel cui ambito si muovono e collocano la
realizzazione dei progetti.
Dei ripari che l' Asinara offre nelle fasi della guerra contro i Pisani, nel cui ambito si riconduce la battaglia della Meloria 1284. Con l' accordo del 23 Dicembre1287, tra i Doria e la repubblica marinara di Genova, discendenti di Andrea Doria devono cedere i loro diritti sui porti di Torres e dell' Asinara.
Circa 40 anni dopo, il 28 Ottobre1328, l' Asinara e i suoi proventi furono concessi a Galeardo de Malleon, rappresentante della corona d' Aragona.
Nel luglio del 1331, però, Alfonso III rettifica la precedente disposizione probabilmente perché pressato dai Sassaresi. Quindi l' amministrazione regia dell' Asinara
è assegnata agli abitanti Sassaresi.
Nel 1353, nel corso della grande offensiva condotta dalle flotte Aragonesi e Veneziane contro quella Genovese per il possesso di Alghero, il porto dell' Asinara ospitò le navi di Genova prima che queste subissero una grande disfatta di porto Conte. Furono invece proprio le acque dell' isola ad essere testimoni nel 1409 in un'altra grave sconfitta navale dei Genovesi da parte degli Aragonesi, che per la prima volta in Sardegna fecero uso delle bombarde Siciliane. Le coste dell' Asinara conobbero poi, nel XVI secolo, anche la tragedia delle incursioni moresche che portò all' abbandono dell' isola da parte dei suoi abitanti, con la sola eccezione di una sparuta schiera di monaci, cui il papa
Alessandro VI aveva concesso nel 1500 la proprietà di alcuni territori.
