Il territorio della riserva appartiene amministrativamente ai comuni di Fiumicino e di Roma. E' formato dall'ampia fascia costiera che si estende dalla spiaggia di Capocotta a Palidoro; comprende l'ultimo tratto fluviale del Tevere, le aree delle bonifiche di Ostia, di Maccarese e di Pagliete, queste ultime due separate dalla valle dell'Arrone, ed il comprensorio di Macchiagrande di Galeria.