La Riserva è ancora in una fase di organizzazione. I due enti gestori, per i rispettivi ambiti territoriali, il Comune di Fiumicino e il Comune di Roma, hanno elaborato da dicembre 1997 gli atti necessari, ossia il piano di gestione ed il relativo regolamento attuativo, per arrivare ad una salvaguardia effettiva e alla valorizzazione piena del patrimonio naturalistico, storico-archeologico ed agricolo. Il Comune di Roma ha affidato alla Societa di sevizi ECOMED la parte preliminare del piano di gestione, ossia la "descrizione delle caratteristiche fisiche, naturali ed antropiche" del territorio in base al quale il Dipartimento Ambiente del Comune ha elaborato le successive parti del piano di gestione. Il Comune di Fiumicino ha affidato gli studi preliminari ad un gruppo di esperti, tra cui i Prof.i Blasi e Consiglio. Il Comune di Fiumicino ha presentato ad ottobre 2001 alla Commissione di Riserva il piano di gestione ma l'iter di valutazione e successiva adozione da parte del Ministero dell'Ambiente non si è ancora concluso. Il Comune di Roma pur avendo completato gli atti, non ha ancora ufficialmente consegnato il Piano al vaglio della Commissione di Riserva, per ritardi dovuti al parere espresso dai Municipi interessati, il XIII in particolare. E' stata nominata il 7 maggio 1998 dal Ministro dell'Ambiente, Edo Ronchi, la Commissione di riserva, avente il compito di formulare indirizzi e proposte, rendere pareri tecnico-scientifici, vigilare sul funzionamento e la gestione unitaria della riserva ed esprimere parere vincolante sulle richieste di autorizzazione circa i nuovi strumenti urbanistici e gli interventi di rilevante trasformazione del territorio. La commissione si e insediata il 20 luglio scorso e da settembre 1998 ha lavorato a pieno ritmo per rispondere a tutte le richieste di autorizzazioni. La Commissione ha iniziato il suo lavoro con i seguenti membri:

• Dr. Vincenzo La Presa in rappresentanza del Ministero dell'Ambiente, con funzioni di Presidente della Commissione; sostituito dalla Dr.ssa Patrizia De Angelis nel 2000;
  
• Arch. Rocco Tramutola in rappresentanza del Ministero dei Beni Culturali ed Ambientali;
  
• Dr. Claudio Cattena in rappresentanza della Regione Lazio;
  
• Arch. Roberto Cattalani in rappresentanza della Provincia di Roma; sostituito nel 2000 dal Dott. Lamberto Alfonsi;
  
• Prof. Giuseppe Barbero in rappresentanza delle Università statali degli studi di Roma;
  
• Prof.ssa Maria Gabriella Villani ( del WWF già responsabile della Sezione Litorale dal 1989 al 1995) in rappresentanza delle Associazioni Ambientaliste.